ソ連のアフガニスタン侵攻以来、冷戦は新たな局面に移行していた。
1984年、隻眼に義手の男がそのアフガニスタンに現れる。
スネークと呼ばれるその男は、過去に米国の非政府諜報機関サイファーにより、歴史の表舞台から消された伝説の傭兵だった。
昏睡から目を覚ましたばかりの彼を襲撃者から救い、アフガンへと導いた工作員“オセロット”は言う。
スネークのかつての相棒カズヒラ・ミラーがソ連軍に囚われている。彼を単独で救出することで伝説の復活を世界へと示せ、と。
それは 9年前、彼らの仲間を惨殺したサイファーへの復讐へと続く、世界を股にかけた戦いの始まりだった―。
『グラウンド・ゼロズ』を経て、“V”本篇がここに結実。